Τα σύγχρονα φάρμακα εναντίον των ρετροϊών, έχουν πολύ καλά αποτελέσματα και επιτρέπουν στους ασθενείς αυτούς να έχουν μια σχετικά καλύτερη και μακρύτερη ζωή.

Όμως οι συνδυασμοί των φαρμάκων αυτών που είναι γνωστοί με την ονομασία HAART, δεν αποτελούν μια τελική θεραπεία που οδηγεί στην ίαση από τη μόλυνση με τον ιό HIV. Τα φάρμακα αυτά έχουν πολλές σοβαρές επιπλοκές.

Οι συχνότερες επιπλοκές των φαρμάκων εναντίον του ιού HIV είναι: Ναυτία, διάρροια, αδύνατα κόκαλα, αναιμία, παθήσεις των περιφερικών νεύρων, ψηλή χοληστερόλη, σύνδρομο λιποδυστροφίας με συλλογή λίπους γύρω από από το λαιμό ή την κοιλιά.

Ορισμένοι ασθενείς ανέχονται καλά τις παρενέργειες αυτές ενώ άλλοι λιγότερο.

Για τους φορείς του ιού του AIDS, δεν έχει ακόμη διευκρινιστεί ποια είναι η καταλληλότερη στιγμή για να αρχίσει η θεραπεία με τα αντι-ρετροϊκά φάρμακα. Συνήθως η θεραπεία αρχίζει σε ασθενείς που παρουσιάζουν συμπτώματα που έχουν σχέση με τη μόλυνση από τον ιό HIV.

Επίσης η θεραπεία χορηγείται σε ασθενείς χωρίς συμπτώματα όταν ο αριθμός των λεμφοκυττάρων CD4 μειώνεται κάτω από 350 κύτταρα ανά κυβικό εκατοστό.

Πρόσφατες έρευνες έδειξαν ότι 95% των ασθενών που αρχίζουν θεραπεία με ένα αριθμό λεμφοκυττάρων CD4 μεγαλύτερο από 200 ανά κυβικό εκατοστό, επιβιώνουν για τουλάχιστο ακόμη 2 χρόνια. Αντίθετα το ποσοστό των ασθενών που επιβιώνουν, μειώνεται σημαντικά όταν η θεραπεία αρχίζει με επίπεδα των λεμφοκυττάρων CD4 κάτω των 200.  

Ακόμη ένας παράγοντας που λαμβάνεται υπ' όψη για το πότε πρέπει να αρχίσει η θεραπεία HAART, είναι το φορτίο που φέρει σε ιούς ένας ασθενής. Σε ασθενείς με φορτίο ιών σε περισσότερα από 30,000 κύτταρα (με τη μέθοδο  branched DNA) ή σε περισσότερα από 55,000 κύτταρα (με τη μέθοδο PCR), συστήνεται η έναρξη της θεραπείας έστω και εάν δεν υπάρχουν κλινικά συμπτώματα.

Παρά το γεγονός ότι φαίνεται λογικό να αρχίζει μια θεραπεία σε όλους τους ασθενείς που είναι φορείς του ιού του AIDS, εντούτοις πολλοί γιατροί καθυστερούν την έναρξη της θεραπείας μέχρι που να σιγουρευτούν ότι ήλθε η κατάλληλη στιγμή. Ο λόγος είναι διότι εάν αρχίσει νωρίς η θεραπεία υπάρχει ο κίνδυνος εμφάνισης ανθεκτικών στελεχών του ιού. 

Η εμφάνιση ανθεκτικών στελεχών του ιού HIV στα αντι-ρετροϊκά φάρμακα, είναι ένας σημαντικός λόγος αποτυχιών των θεραπειών με επιδείνωση και κατάληξη του ασθενούς. Οι πιθανότητες εμφάνισης ανθεκτικών στελεχών αυξάνεται με το χρονικό διάστημα που χορηγείται ο θεραπευτικός συνδυασμός HAART.

Η κατάσταση της υγείας του ασθενούς, ο αριθμός των λεμφοκυττάρων CD4 και το φορτίο ιών που φέρει μέσα στα κύτταρά του προτού ακόμη αρχίσει η θεραπεία, παίζουν ένα σημαντικό ρόλο για τη πρόγνωση και τη διάρκεια ζωής του ασθενούς.

Άλλοι παράγοντες που επηρεάζουν είναι το κατά πόσο υπήρχε η πλήρης εικόνα του AIDS όταν έγινε η διάγνωση, εάν υπήρχαν ευκαιριακές μολύνσεις και η ανοχή που έχει ο οργανισμός του ασθενούς στα διάφορα φάρμακα.

Πρέπει να προσθέσουμε ακόμη ένα καθοριστικής σημασίας παράγοντα που επηρεάζει την επιβίωση και που είναι το πόσο καλά παίρνει τη θεραπεία του ο ασθενής. Οι θεραπείες είναι πολύπλοκες, τα φάρμακα είναι πολλά και οι ασθενείς πρέπει να τηρούν πιστά τις δοσολογίες και τις οδηγίες που τους δίνει ο γιατρός τους. Ένας από τους συχνότερους λόγους για τους οποίους αναπτύσσονται ανθεκτικά στελέχη σε ασθενείς είναι διότι δεν παίρνουν κανονικά τις δόσεις των φαρμάκων τους.

Το κόστος της θεραπείας HAART είναι πολύ μεγάλο. Οι ασθενείς σε χώρες χωρίς πόρους, δεν μπορούν να πάρουν μια τέτοια θεραπεία λόγω του δυσβάσταχτου για αυτούς ψηλού κόστους. Υπολογίζεται ότι με τα σημερινά δεδομένα, περίπου το 90% των φορέων του ιού HIV παγκοσμίως, δεν μπορούν για οικονομικούς λόγους να πάρουν μια θεραπεία τύπου HAART.

Συνοπτικά εμείς θα τονίσουμε ότι κατά τα τελευταία χρόνια η πρόγνωση έχει βελτιωθεί δραματικά για τους φορείς του ιού HIV όπως επίσης και για τους ασθενείς με AIDS. Τα νέα φάρμακα επιτρέπουν μια επιβίωση πολύ μεγαλύτερη αλλά δεν προσφέρουν την ίαση.

Οι θεραπείες είναι δύσκολες και οι ίδιοι οι ασθενείς πρέπει να συμβάλλουν στην βελτίωση τηρώντας πιστά τα θεραπευτικά σχήματα που τους χορηγούνται για την καταπολέμηση του ιού HIV.